浙江机电职业技术大学办学历史悠久，从1952年创办浙江省杭州工人技术学校、1975年创办浙江机械工业学校、2002年经浙江省人民政府批准并经教育部备案正式成立浙江机电职业技术学院，2024年经教育部同意设立浙江机电职业技术大学。

自动化学院的渊源可以追溯至上世纪50年代的浙江省杭州工人技术学校、浙江机械专科学校杭州工学院的电机系。1977年文革结束复校设立浙江机械工业学校电机电器专业，1984年成立电气科，1999年，成立电气电子工程系，2013年，由系升格为电气电子工程学院，2020年，改为自动化学院。2007年机电一体化技术专业成为国家示范性高等职业院校重点建设专业，2016年智能控制技术专业群入选浙江省重点校重点建设专业群，2019年，智能控制技术专业群入选中国特色高水平高职学校建设单位（A档前十）重点建设专业群。2025年，智能控制技术专业群再度获得认可，成功入选国家第二期“双高计划”建设专业群。

自动化学院设有机械电子工程技术、智能控制技术、电气工程及自动化、集成电路工程技术等本科层次职业教育专业4个，与浙江科技大学联合办学自动化专业，应用电子技术、电气自动化技术、机电一体化技术、智能控制技术等专科专业4个。